Segern var Tölös fjärde på de senaste fem matcherna, och sjätte hemmasegern i rad.
David Berntsson gjorde två mål och Adam Phillips ett mål för Tölö, målet för Kongahälla gjordes av Jonathan Hartwig.
Kongahälla ligger på sjätte plats i tabellen efter matchen, medan Tölö leder serien.
Tölö tar sig an Skene IF i nästa match borta lördag 25 september 14.00.